1、房屋的產權不同。房改房的產權屬于個人所有，這意味著購房者擁有房屋的完全產權，可以自由出售、抵押、繼承等。而經濟適用房的產權屬于政府所有，購房者只擁有房屋的使用權，不能自由出售、抵押等。
2、房屋出售后的收益權不同。房改房出售后的收益歸個人所有，這意味著購房者在出售房改房時，除了繳納相關稅費外，還可以獲得房屋出售的全部收益。而經濟適用房出售后的收益歸政府所有，購房者在出售經濟適用房時，只能按照政府規定的價格進行出售，并且不能獲得房屋出售的全部收益。
房改房的過戶流程
1、買賣雙方進行溝通。買方了解房屋整體現狀及產權狀況之后，可要求賣方提供合法的證件，包括房屋所有權證書、身份證件及其它證件。
2、簽訂《房屋買賣合同》。雙方溝通一致后，買方交納購房定金，雙方簽訂房屋買賣合同。雙方在對房屋坐落位置、產權狀況及成交價格、房屋交付時間、房屋交付、產權辦理等達成一致意見后，簽訂至少一式三份的房屋買賣合同。
3、提交審查。買賣雙方共同向房地產交易管理部門提出申請，接受審查。買賣雙方向房地產管理部門提出申請手續后，管理部門要查驗有關證件，審查產權，對符合條件的房屋準予辦理過戶手續，對無產權或部分產權又未得到其他產權共有人書面同意的情況拒絕申請。
4、辦理立契手續。房地產交易管理部門根據交易房屋的產權狀況和購買對象，按交易部門事先設定的審批權限逐級申報審核批準后，交易雙方才能辦理立契手續。
5、繳納稅費。房產交易需要繳納一定的稅費，但是其構成比較復雜，要根據交易房屋的性質而定，房改房過戶一般要繳納土地出讓金、個人所得稅、印花稅等費用。
6、辦理產權轉移過戶手續。交易雙方在房地產交易管理部門辦理完產權變更登記后，交易材料移送到發證部門，買方憑領取房屋所有權證通知單到發證部門申領新的產權證。
7、申請銀行貸款。買賣雙方共同到貸款銀行辦理貸款手續，銀行審核買方的資信，對雙方欲交易的房屋進行評估，以確定買方的貸款額度，然后批準買方的貸款，待雙方完成產權登記變更，買方領取房屋所有權證后，銀行將貸款一次性發放。
8、交付房屋。買方領取房屋所有權證、付清所有房款，賣方交付房屋并結清所有物業費，將房屋鑰匙交給買方，交易完畢。
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